მალარიის კლინიკური მიმდინარეობა მალარია მჟღავნდება ფარული (ინკუბაციური) პერიოდის გასვლის შემდეგ. სამდღიური მალარიისას ინკუბაციური პერიოდი გრძელდება 10-30 დღე, საშუალოდ 14-15 დღე, ზოგჯერ 3-4 თვეზე მეტიც შეიძლება იყოს (გახანგრძლივებული ინკუბაცია). ამის შემდეგ იწყება ცხელებითი შეტევები. სამდღიური მალარიის დროს შეტევები ყოველ მესამე დღეს მეორდება.
მალარიის შეტევა იწყება შემცივნებით, ავადმყოფს სახე უფერმკრთალდება, ცხვირი და ტუჩები ულურჯდება, ეწყება თავის ძლიერი ტკივილი, აკანკალებს, კბილს კბილზე აცემინებს. ასეთი მდგომარეობა 30 წუთიდან 2-3 საათამდე გრძელდება. შემდეგ–ავადმყოფი თანდათან თბება, სიცივე და კანკალი აღარ აწუხებს, პირიქით, ისე სცხელა, სახე უწითლდება, პირი უშრება, თავის, წელის და კიდურების ტკივილი უძლიერდება. ზოგჯერ მაღალი ტემპერატურის (390-400C) გამო გონება ებინდება, ბოდავს, ეწყება გულისრევა და ღებინება. რამდენიმე საათის შემდეგ ტემპერატურა სწრაფად ეცემა, აქვს ძლიერი ოფლისდენა. 1-2 საათის შემდეგ ოფლისდენა წყდება, ტემპერატურა ნორმაზე ან ნორმის ქვევითაც შეიძლება დავიდეს და ბოლოს ავადმყოფი მშვიდდება და იძინებს. გამოძინების შემდეგ თავს უკეთ გრძნობს, მაგრამ შემდგომში, შეტევების განმეორების გამო, მისი მდგომარეობა თანდათან მძიმდება.
საშუალოდ 12-14 შეტევის შემდეგ ავადობის პროცესი წყდება, თუმცა შეიძლება შეწყვეტის შემდეგ 1-3 თვემდე პერიოდში განმეორდეს, რასაც ახლო რეციდივი (დაავადების განმეორება) ეწოდება. შორეული რეციდივი, რომელიც მომდევნო წლის გაზაფხულზე ვლინდება - ახასიათებს სამდღიურ მალარიას, რადგან ამ დროს მალარიის პარაზიტების ე.წ. ჰიპნოზოიტური ფორმები ღვიძლში ხანგრძლივად ცოცხლობენ.
მალარიის ყველა ფორმის დროს აღინიშნება ანემია - ”სისხლნაკლებობა”, დიდდება ღვიძლი და განსაკუთრებით - ელენთა.
ზემოთ აღნიშნული კლინიკური ნიშნების გამოვლენისას, დაუყოვნებლივ უნდა მიმართოთ ექიმს. მალარიის დიაგნოზი დგინდება თითიდან აღებული სისხლის პრეპარატების (ნაცხი და სქელი წვეთი) ლაბორატორიული (მიკროსკოპული) გამოკვლევის შედეგად. დიაგნოზის დადგენისთანავე იწყება მკურნალობა.
